華為云原生基礎(chǔ)設(shè)施加速基因測(cè)序

基因研究一直是農(nóng)作物科學(xué)領(lǐng)域的一大高地,基因測(cè)序工程集合了DNA聚合酶、納米技術(shù)、高性能計(jì)算等領(lǐng)域尖端科技,進(jìn)行農(nóng)作物全品種基因測(cè)序,對(duì)推動(dòng)農(nóng)業(yè)發(fā)展、增加作物產(chǎn)量,起到關(guān)鍵作用。

然而,基因測(cè)序工程,動(dòng)輒需要數(shù)萬/數(shù)十萬個(gè)基因測(cè)序及模型建立,需要大量的計(jì)算和存儲(chǔ)資源,常見的基因轉(zhuǎn)換、拼接、對(duì)比、注釋全流程,用一臺(tái)高性能服務(wù)器運(yùn)行耗時(shí)30多個(gè)小時(shí),數(shù)萬乃至十萬級(jí)的基因測(cè)序任務(wù),對(duì)網(wǎng)絡(luò)、存儲(chǔ)、算力,以及業(yè)務(wù)響應(yīng)的及時(shí)性、可靠性、安全性有極高的要求。尤其是隨著第三代測(cè)序的推廣,在極大提升了測(cè)序準(zhǔn)確性的同時(shí),對(duì)計(jì)算資源也需求增長(zhǎng)了數(shù)百倍,自建數(shù)據(jù)中心進(jìn)行基因測(cè)序,在技術(shù)、建設(shè)周期和投資成本、運(yùn)維成本上都面臨巨大的挑戰(zhàn)。

華為云容器批量計(jì)算讓基因測(cè)序開足馬力

早在2018年,華為云就針對(duì)基因測(cè)序行業(yè)所面臨的困難,提供基于容器技術(shù)的解決方案,并發(fā)布了基因容器服務(wù)(Gene Container Service,GCS)。今年,綜合基因測(cè)序、AI、大數(shù)據(jù)、HPC等場(chǎng)景的共性訴求,華為云將基因容器全面升級(jí)容器批量計(jì)算服務(wù)(Batch Container Engine,BCE),為基因測(cè)序提供更高效、更易用、極致性價(jià)比的解決方案。

容器批量計(jì)算服務(wù)基于云容器引擎(CCE)、云容器實(shí)例(CCI)、智能邊緣平臺(tái)(IEF)等基礎(chǔ)設(shè)施,提供多集群、多任務(wù)/異構(gòu)資源混合調(diào)度能力,并支持多隊(duì)列管理,讓多業(yè)務(wù)應(yīng)用規(guī)劃更便捷。相比于傳統(tǒng)批量任務(wù)處理方案,容器批量計(jì)算服務(wù)在性能、調(diào)度、運(yùn)維、成本等方面都具備明顯優(yōu)勢(shì):

·更高效任務(wù)處理性能提升30%以上

面向容器/應(yīng)用的調(diào)度算法優(yōu)化,TPC-DS測(cè)試較原生K8s效率提升30%以上,調(diào)度性能1000 PODs/秒,業(yè)界平均水平的十倍,同時(shí)支持跨Region進(jìn)行資源調(diào)度,保障算力充足可用。

·更易用開箱即用免運(yùn)維

通過自動(dòng)統(tǒng)一的資源管理,屏蔽復(fù)雜的環(huán)境依賴,用戶不用考慮環(huán)境維護(hù)成本,僅需要將精力專注在應(yīng)用本身,開箱即用,一處部署,處處可用。

·極致性價(jià)比實(shí)現(xiàn)性能與成本的最佳平衡

基于容器技術(shù),提供秒級(jí)彈性伸縮能力,擴(kuò)容速度可達(dá)30秒擴(kuò)容8000核,在流量突增時(shí)能快速?gòu)椥詳U(kuò)容,保障業(yè)務(wù)的連續(xù)性和高穩(wěn)定性,通過按秒計(jì)費(fèi)策略實(shí)現(xiàn)成本的精細(xì)化管理。

·豐富的硬件生態(tài)滿足不同場(chǎng)景的差異化算力訴求

容器批量計(jì)算支持X86、鯤鵬、昇騰、GPU等多樣化算力集群的混合部署,結(jié)合業(yè)務(wù)特點(diǎn),靈活分配資源,同時(shí)支持推理流量多種分發(fā)策略,可使綜合成本降低30%。

華為云云原生高性能計(jì)算行業(yè)客戶首選

基于容器批量計(jì)算,華為云還推出了云原生高性能計(jì)算解決方案,并與生物、醫(yī)療等各行業(yè)知名廠商合作,形成面向不同細(xì)化領(lǐng)域的行業(yè)化解決方案:

·華大基因:云原生高性能計(jì)算解決方案為華大基因提供云端基因測(cè)序解決方案,通過對(duì)常用的軟件優(yōu)化,更好的支撐DNA、RNA、液態(tài)活檢等主流生物基因測(cè)序場(chǎng)景。

·武漢希望組:利用三代測(cè)序優(yōu)勢(shì),并采用5G傳輸、云原生高性能計(jì)算解決方案作為分析引擎和算力資源池,構(gòu)建全流程的病毒基因組實(shí)時(shí)分析平臺(tái),適合在大范圍內(nèi)同時(shí)開展疫情的檢測(cè)工作。

·金橡醫(yī)學(xué):基于云原生高性能計(jì)算解決方案打造的全容器基因測(cè)序解決方案,使得將有限的資金實(shí)現(xiàn)最大化利用,助力金橡醫(yī)學(xué)在市場(chǎng)上占得先機(jī)。

·上海生科院:VIC(Virus Identification Cloud)得到云原生高性能計(jì)算解決方案強(qiáng)大計(jì)算能力的支持,可提供高通量多樣本并行云端分析能力,助力臨床診斷,還可監(jiān)測(cè)病毒變異趨勢(shì)。

華為云云原生高性能計(jì)算解決方案以應(yīng)用為中心,并基于華為云擎天架構(gòu)的深度軟硬協(xié)同能力,為業(yè)務(wù)提供多元算力、極致性能、極致體驗(yàn)的云原生基礎(chǔ)設(shè)施,還再次升級(jí)了企業(yè)應(yīng)用架構(gòu),統(tǒng)一企業(yè)在線與離線業(yè)務(wù)的運(yùn)行平臺(tái),簡(jiǎn)化業(yè)務(wù)運(yùn)維、提升資源利用率,進(jìn)一步加速了企業(yè)業(yè)務(wù)敏捷創(chuàng)新,目前已經(jīng)在AI、大數(shù)據(jù)、視頻轉(zhuǎn)碼等領(lǐng)域得到廣泛應(yīng)用。